皖南医学院工会于1979年成立，工会下设女教职工委员会、工会经费审查委员会及16个基层分工会。

学校工会、教代会在上级工会和学校党委的坚强领导下，深入学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想，认真履行 “参与、维护、建设、教育”四项职能，维护职工权益，发挥凝聚作用，促进学校发展；围绕学校中心工作，发挥教代会的桥梁纽带作用，积极参与学校民主管理，保障教职医护员工参与学校民主管理和民主监督的权利，先后召开了九届教职工代表大会和八届工会会员代表大会。不断创新工作方法，开展丰富多样的文体活动，提供多层面的交流平台，集众智汇众力，组织教职工积极投身学校教育事业的发展。

近几年，校工会先后被上级评为“工会先进集体”、“女职工工作先进集体”、“工会财务先进集体”、“安徽省劳动竞赛先进集体”。