皖南医学院工会、教代会分别于1979年和1985年成立。先后召开了七届工会会员代表大会和八届教职工代表大会。

学院工会、教代会在学校党委和行政的领导下、在上级工会的大力支持下，以“坚持服务基层、激发基层工会活力，坚持服务职工办实事、体现职工主体地位，坚持服务教学、着力构建和谐校园”三服务宗旨，认真贯彻“组织起来，切实维权”的工会工作方针；以“参与、维护、建设、教育”四项职能发挥工会作用，维护职工权益，发挥凝聚作用，促进学校发展；围绕学校中心工作，落实好教代会职权，发挥教代会的桥梁纽带作用，积极参与学校民主管理，推进学校民主政治建设，依法治校，保障教职医护员工参与学校民主管理和民主监督的权利。发挥新时期工会工作的五种理念，组织教职工积极投身学校教育事业的发展，开展丰富多样的文体活动，提供多层面的交流平台，努力提高教职工队伍整体素质，创建文明校园；不断创新工作方法，充分调动教职工的积极性、创造性，集众智汇众力，为学校各项事业的建设、发展加油助力。

近几年，学校先后被教育工会和女教职工委员会，评为“工会先进集体”、“女教职工先进集体”、“工会财务先进集体”。基层分工会也多次被省教育工会表彰。

皖南医学院工会，下设女教职工委员会、工会经费审查委员会及15个基层分工会、10个专业协会；教职工代表大会闭会期间由执委会会议讨论学校重大事宜，执委会下设提案工作专门委员会。